上海市杨浦区人民政府办公室设11个内设机构：
（一）秘书科
（二）联络科
（三）区政府督查室
（四）综合科
（五）政务公开科
（六）法律事务科
（七）调查研究科
（八）外事科
（九）合作交流科
（十）协作服务科
（十一）地区协调科
上海市杨浦区机关事务管理局设3个内设机构：
（一）综合管理科
（二）行政管理科
（三）财务科